《塞尔达传说:风之杖》的故事结束数月后,林克、泰特拉(Tetra)和海盗们为了探求新的大陆而出海。不久他们发现了一艘笼罩在迷雾之中的遇难船只,泰特拉只身前去调查结果遭遇危险,而想要营救泰特拉的林克却坠落海中。林克漂流到一座神秘的岛屿,在海浪声以及精灵的鸣叫中苏醒过来。于是,林克在妖精的帮助下,向着泰特拉出事的那片海域出发……