游戏中玩家将扮演被编入超级机器人学园的 17 岁少年佐伯辽驾，才刚进入学校就与学校老大轰刚太郎进行决斗，在历经艰辛的「超级机器人战斗」后获胜的辽驾，却不慎毁坏了学校中设置的神坛，使得封印于其中的妖怪「魅门」复活。被校长下令负责重新封印魅门的辽驾，于是与青梅竹马的 16 岁少女濑户咲弥一同出发寻找消失的魅门踪影。
