企图借助魔界之力，在人间复活的天草四郎时贞，终于被一名叫做霸王丸的剑士击倒了，世界似乎恢复了平静……

1789年，将复活了的魔王天草四郎时贞消灭了的霸王丸感受到一种与天草同样的暗黑影子的袭击，来到了师父花讽院和仲处，久别重逢的师徒举酒向月，直到天明，等待着霸王丸的旅程再次出动。

此时的世界各地又是异变四起，大批妖怪显身人间，除霸王丸遭到袭击外，狂死郎等人也先后遭到魔物的突袭，而本已被打败了的地震和不知火幻庵也再次出现了。各地剑士又一次为了不同的目的来了，或为夺取宝玉，或为执行密命再度掀起风暴！或为讨伐魔物，或为邪恶的力量，风云再起……

在这次的战斗中又有四位强者投入战团中。其中有来自南美洲的小女孩、替兄长塔姆塔姆参战的查姆查姆，全欧最强军队红狮子圣骑士团的团长莱锡路，还有霸王丸过去的师兄，因走上邪路被逐出师门的牙神幻十郎以及霸王丸的师父花讽院和仲。而且担任裁判的黑子也会乱入于舞台上。

本作的大BOSS原来是巫女。此次登场的罗将神水姬，是那只出生在隐岐的除魔女巫水姬一心想收伏的妖孽，因其经验不足而战败，从而被罗将神附身，成为这位大魔头。她极为崇拜魔界王，将千两狂死郎之妻美州鬼封印咒化为自己的凭依兽，仗着自己极为霸道的招术贻害人间。

暗黑神的野心能否实现，魔界悬挂的两颗宝珠：巴雷肯石和破王之卵能否回归人间，剑士能否完成自己的除魔使命呢？一切的一切尽在这《真侍魂》——“霸王丸地狱变”中！