20XX年，距离威利和黑皇后的战斗都过去了好些年，和平的生活再次重现地球，大家也都是这么想的。突然，一个巨大的爆炸在城市的某处炸出一个巨大的洞，人们处于混乱之中。从洞里跳出来各种各样的敌人。为了把城市再次掌握在自己的手中，让人们处于混乱正是他们的目的。

幸运的是，T.Bird教授及时得知了这个消息，他立刻联系了忍者蛙并告诉了他们正在发生的事情。“忍者蛙们，城市又一次处于危险之中，你们打算怎么办？快去找到双截龙他们。”，“不用担心，教授，他们可能正在健身房中，我们马上去找他们”。然而，双截龙却不在那里，忍者蛙们到处寻找，在这过程中，越来越多的敌人从洞中出现。

终于，忍者蛙们找到了双截龙，他们正和玛丽安在旅游。忍者蛙立刻把坏消息告诉了他们。双截龙听到了这个坏消息后认为，这个爆炸肯定是威利和黑皇后搞的鬼。双截龙毫不迟疑的加入了忍者蛙们的队伍并开始的新的冒险。于是，我们的英雄再一次面对黑暗的力量...

算是不错的动作游戏，我方可以选择3只忍者蛙和双截龙，双方的招数也都是各自游戏中的招数，忍者蛙的大脚功和双截龙的旋风腿。游戏的敌人也是这来自于这两个游戏，游戏的打击感以及音乐都不错，不过可怕的是，游戏的第2关居然保留了忍者蛙做小飞艇飞行的关卡，这真的是太难过去了！