开发新一代METAL SLUG(也就是SV-001)的研究所又莫名其妙地受到不明的袭击了。这次记录著METAL SLUG的资料光碟全部被夺走，一乾二净。有鉴於过去只要有人(例如叛乱军)抢起METAL SLUG绝对代表没好事会发生， Marco 和Tarma在第一时间 接到了资料夺回命令，并追踪其下落。 另一方面、正在调查Ptolemaic Army组织(Ptolemaic的意思为托勒密，详见下方注解)的Eri和Fio，成功调查到了该组织目前位於一个古老的遗迹「火之回廊」内。虽然她们曾试图进入遗迹内并尝试镇压，但这条必经的路线被当地的原住民和一台巨大的METAL SLUG给阻挡。由这台该死的特大号红色SV-001攻击事件，足以证明Ptolemaic Army是夺取METAL SLUG资料的组织。 正规军队为了将资料夺回并将组织消灭、决定由PF与SPARROWS的精锐部队执行「火之回廊」的再度进攻作战计划。

合金弹头5是日本SNK公司推出的2D横板射击过关游戏。合金弹头系列是ARC历史上唯一可以用一个几乎不变的引擎连作9部的游戏。合金弹头5代画面风格没有什么大改变，虽然仍是2D横版过关，但是游戏看的出依旧火爆刺激。

SNKPLAYMORE接手SNK系列游戏开发后，《拳皇》以 及《合金弹头》等作的FANS们看到了更多的惊喜。而合金弹头5代画面风格没有什么大改变，虽然仍是2D横版过关，但是游戏看的出依旧火爆刺激！ 讲述为了应付世界上日益加剧的冲突，正规军特殊部队PF队便着手开发新一代的Metal Slug武器。然而，负责开发的研究所却受到袭击，载有新一代Metal Slug资料的光碟更被抢去了，于是敌人利用了这些珍贵的资料开发出厉害的武器，令世界局势变得更为动荡不安。玩家所控制的主角们，就是PF队的成员，目的就是把失去的光碟夺回，并向敌人进行反击战！