流程攻略：
    刚开始会遇到少女，事件后到上方广场，再由广场上方的门进入教会，门前可以得到一只猫，之后会进入教学战斗。
    从右边的墙壁出去后终于可以自由战斗了，到下方打败主教，接着两兄弟便踏上了寻找贤者之石的道路。
    火车上为解救人质一直向右打过去，车上可以买到2－5的自然卡。出了门后要先炼出4－4的金属卡，才能上到火车顶部;之后一直向左便会遇见BOSS，此战的敌人攻击力较高，要注意回复。战胜后人质少女コニィ会加入，原来她是一名治疗炼金术师
    下火车后要做的便是消灭镇上的3只怪物，注意在墙脚下按R键可以让艾尔托着艾德上屋顶，虽然都是艾德单挑，不过敌人都很弱，应该可以轻松打过，同时注意镇上的瓶瓶罐灌都要调查一下，可以拿到不少回复药
    继续坐火车来到セントラルシティ遇到ヒュ－ズ中佐，这里的图书馆可以买到暗黑5－6的卡片；还可以找到猫两只：分别在旅馆和图书馆门前。接着来到司令部的受付处，コニィ居然忘记带论文，结果还是总统出来解围，决定用战斗形式试验，对手似乎很强。往上出到中庭就开始战斗了，结果精于治疗术的コニィ自然不是兄贵的对手，试验以不及格告终。
    出宿屋后再次到司令部，从右方楼梯上去，由艾德单独会见总统。总统决定成立一支特殊部队并且想让艾德当指挥，艾德提出想让コニィ也成为其中一员，总统最终同意了。
    接着便是去军法会议所找中佐；注意在中庭，司令部门外，西侧区域和东侧区域都可以找到猫，西侧区域可以买到7－7的暗黑卡。总统的秘书处可以拿到100W，一段时间之后还可以再来拿资金，不要错过了。在司令部得知中佐回家了，到中央区域中佐家又得知其去了南侧区域的图书馆分馆，在那里终于找到了中佐。
    又一次回到司令部的中庭，三人接受少佐的试练，少佐攻击力虽高，不过命中率不高，应该可以轻松战胜，胜利后コニィ也得到了进入特殊部队的资格，少佐加入成为同伴，然后就可以回南侧坐上列车了。
    列车上又再次遇到强盗，沿老路上车顶，打败强盗头目后就可以下车了。
    来到イ－ストシティ，门口调查石碑以及在右方都可以找到猫，左方的商人卖的是1－7的暗黑卡，西侧的垃圾桶同样可以找到猫接下来就是到北侧的东方军司令部最左侧的房间会见大佐，注意北侧训练场右上方同样可以找到一只猫。跟随大佐到东侧广场，在右上方可以找到猫，在这里要面对大佐的挑战，轻松获胜。之后大佐冤枉两兄弟放火且美其名曰作战，之后将他们抓到军刑所。
    监狱里需要炼成4－6的金属卡才能逃脱，出门后在第四个门再次炼成4－6金属卡，打败美型的雷霆炼金术师マ－ティンス后大佐赶到。在司令部门口打败怪物后就可以出发去车站，大佐和中尉也成为同伴，终于可以在地图上选择地点了，目的地是レドンド。
    到达レドンド知道有强盗抢劫银行，于是进入银行调查情况。从银行金库地上的洞进入下水道，有缺口的位置按R键让艾德上去，过桥后在对面炼成6－3的自然卡，将同伴会合后向下走，遇到银行强盗，打败他后被其逃走了。
    回到イ－ストシティ出城，选择去ソリン，右上角可以找到猫，来到左方村长的家了解情况，决定去后山搜索。从村长家右方向上来到后山，追到右上方后无路，绕回左边到达悬崖边，必须炼出5－4的石卡，过去后就是对ニセモノ的BOSS战，推荐先解决掉铠甲兵，之后就可以慢慢来了。胜利之后还要再打少女ケイト，ケイトHP不高，不过需要注意的是她的回避率却很高，打败她后回村长处报告。
    再次从イ－ストシティ出发，目的地是ダイムラ－邸。刚到达就要面对一只怪物，战胜后不能从正门进入，绕到右边小门外，需要炼出2－4的金属卡来开锁，进去后的BOSS战是一只巨大的怪物。
    又一次从イ－ストシティ出发，这次要去的地方是リゼンブ－ルヘ。到达后到左上方的屋子会发生剧情，艾德被检查完毕后就可以离开了，不过要注意房间里是有一只猫的，记得回去抓。
    回大地图，选择到クルス遗迹，一路进去会在中途遇到BOSSグラトニ－，击败他后继续深入，在深处终于找到了ダイムラ，不过他已经被杀害了，究竟是谁干的呢？在遗迹最深处终于见到了真正的犯人——筋肉男ランディ，此战我方的筋肉男少佐自然也上场，名副其实的筋肉男对决。胜利后又见到了ケイト这个小豆丁，并且要同时迎战ケイト与リンカ－。当然由于实力差距，我方被リンカ－一招全员击飞。之后艾德也从大佐口中得知ロイス大佐的一些事情。
    之后从イ－ストシティ的西侧进入下水道，然后就由中佐单挑怪物，两次迅雷轻松搞定。到左上方的机关处打开铁门，中途要面对多头的怪物ヒドラ,战胜后怪物却将中佐抓走了。继续深入却再次见到了筋肉男ランディ和ケイト，开打是自然不用说的了，在我方的轮番攻击下再高的HP也是没用的。继续往前终于在深处遇到了国家炼金术师スカ－，战胜他后其用转移魔法溜走了。之后在前面见到了中佐，原来他没事。
    出了下水道又遇到了ヒュ－ズ中佐，之后从右上方回到司令部，注意不要碰到怪物了，否则就被弹回门口。到司令部最左边的房子找回大佐的手帐。之后再到练兵场，再次打败一头ヒドラ，之后就向南侧宿屋前进。
    第二天出发到イ－ストシティ城东部的古城ォルヘンティノス城。刚进去没多远就遇到了ラスト，战胜后继续前进,再次遭遇列车强盗バルド，最好先消灭其两个手下再慢慢跟他打，要注意其特殊攻击，HP100以下应及时回复，战胜他后就可以上2楼。在2楼需要先炼出7－6的石卡才能过对面；到达对面会第三度与ランディ交手。胜利后继续前进上到3楼，左边楼梯上去后应炼出7－4金属卡才能破坏铁门。入门后再度遇到ケイト，打败她后果然还是被她逃了。不用说还是继续向上走，刚上到4楼大家就听到一些怪声，原来石背后滚来了一个大铁球，没办法只好让艾尔先顶住。结果虽然躲过了铁球，却又中了地下的机关，全部人都掉了下去。
    想要爬上去又得炼成6－4的自然卡，上去之后往最高层进发，要注意到达第5层后便无法回头了。进入里面后便遇到了リンカ－，不过还得先打过他召唤出来的怪物ブリストル,战胜了怪物后中佐冲上去与其同归于尽了。终于都要面对リンカ－了，不过这时コニィ从项链中的照片发现了リンカ－果真是自己的兄长セラフィ，只是我们最终还是得与他一战。最终之战终于开始了，リンカ－的行动速度很快，攻击力也超强，HP在150以下最好就要进行回复，经过漫长的战斗之后终于将其击败。但是出乎所有人意料的是リンカ－竟然用炼成融合将自己的身体与城堡融为一体，我们不得不再次面对变身后的リンカ－，コニィ也认清了自己的方向毅然加入艾德他们的行列。此战需要注意的是BOSS本体和分身都会用强力全体攻击，要随时都准备回复，还是建议先打掉分身再对付BOSS的本体。第二次漫长的战斗终于结束，セラフィ似乎也恢复了神智。
    尾声：コニィ的第二次国家炼金术师资格验证终于顺利通过，当艾德他们到车站送行的时候她仍不忘以艾德的身高为攻击对象。少佐强拉艾德参加武道大会，艾德唯有硬着头皮上，结果遇上的全是游戏中的强人。通关后还有不少有趣的事情，这些我就不详细讲了，还是留给大家自己去发掘。