首先进入游戏，起个好名字吧！其中的第三项能起中文名字。正要出门时城之内和武藤游戏来访说今天要举行バトルシティ大会，要你参加，说完就走了。在家中的电脑上可以记录。
　　再来了解一下系统，按L键，START键和SELECT键都能打开菜单，其中的ステ－タス是查看状态包括姓名，能使用卡片的级别，能使用的点数，参加大会所需的卡片（共六张，打败特定的人会得到）和用来买卡片的钱；かばん查看得到的卡片，按A键出现三个选项：第一个查看卡片，第二个把卡片送到テッキ，第三个把卡片放回かばん；テッキ正在使用的卡片，按A键出现二个选项，第一个查看卡片，第二个把卡片送到かばん。要注意的是能使用的卡片共40张，卡片的コスト值之和不能超过所能使用的上限。查找卡片时按START能选择要查看排列的方式，L键能简单查看卡片状态，SELECT能改变排列方式。
　　出门后被带到广场的右边，这时海马出来说明大会的基本情况：需要收集到六张卡片才能参加最后的八强战，现在就去收集卡片吧！A键和R键都能和人对话，A键能知道一些基本信息，R键能发展剧情和对手对战（不是所有人都能对战的）
　　先到处逛逛，广场挺大，我把它分为12个区域，广场地图。现在去1－5和站着不动的人说话（用R和他们说，以后基本上都是用R），说完后他们会走开，共五人。再回到2，刚往外走，那些人都出现了要去参加比赛。现在可以出广场了，能去美术馆和卡片屋，先在广场逛逛。现在去10，胜利后得到一张パズルカ－ド，再去8和エスパ－絽场三兄弟对战，胜利后得到第二张パズルカ－ド。去11武藤双六的店中，发现城之内也在，对战后城之内走了。回到3，发现在墓地的那位被赶了出来，赶去10把强墓地的打发后他又可以安心的待在墓地了。来到5，和一个人说话，他提到卡片屋好像出了点事赶紧去看看。
　　从1左边出广场来到大地图中。
    来到卡片屋果然有事，遇到了パンドラ，根着他进入地下室的对战场地，解决掉他后回到卡片屋。可以在这买卡片，在右上角可以输入密码得到卡片。来到美术馆遇到貘良了，现在美术馆还不能进。回到广场去11的店中遇到了游戏。再来到6战胜龙崎后得到第三张パズルカ－ド。
　　出广场又能去公园了，来到公园遇到一神秘人物，他不理你。往右走碰到羽蛾军团，先战胜羽蛾的三个手下在和羽蛾交手，得到第四张パズルカ－ド。在公园到处逛逛收集一些情报，特别是公园右上的头发比较怪的人，战胜后有重要信息。
　　回到广场去11的武藤双六的店中和マリク说话，之后又有新地方能去了，是桥下和ビル。先去桥下看看，只见海马使出青眼白龙打败对手，和我说了几句和游戏有关的话就走了。往右走，刚到桥下，突然间串出一人正是在公园遇到的那个神秘人物，不由分说开打起来，胜利后他说来这的目的是为了收集究极的卡片来获得究极之力，说完倒下了。
　　现在又能去水族馆了，先去ビル。在门口遇到孔雀舞，战胜她后和她对话她就走了。进楼在底层遇到城之内聊了几句就走开了。再去水族馆，在最里面看到梶木渔太正和城之内对抗着，战胜梶木渔太后得到第五张パズルカ－ド，连本身的共六张了，可以去武藤双六的店了。
　　刚进门感觉气氛不对，从武藤双六口中得知杏子出事了，和武藤游戏对话时突然出现身穿紫衣的人，说杏子在他们手中，赶紧去找杏子吧！
　　分别去广场的8，10；桥下；水族馆；美术馆战胜所有的穿紫衣的人，最后再去公园战胜三个紫衣人，在这过程中会遇到バンデッドキ－ス。来到广场的11，孔雀舞和游戏说着城之内和海马的事，马上带着游戏去找他们吧！去12战胜海马的手下，之后去ビル看见光の仮面和やみの仮面正在询问海马木马有关海马的事，看到我和游戏之后就把我们带到楼上的天台，任选一人战胜后下楼，遇到海马木马让我们去美术馆。在美术馆遇到海马，他说在码头好象有什么反应。
　　赶到码头又遇到バンデッドキ－ス，解决掉他后一直往上走，终于找到了城之内和杏子，不过他们的眼神不对，城之内说杏子被他控制着，让游戏和他打，输的话跳到海里。结果游戏只能跳下去了，我一看情况不对赶紧把游戏就上来，和城之内开打起来。经过一番激战城之内终于恢复神智，救出了杏子。
　　来到美术馆遇到了イシズ，和你说了一些古代的传说，打败她后得知只要得到三枚幻神卡就可以永远不败得到デュエル王的称号，如果被心怀叵测的人得到的话后果不堪设想，而她的弟弟マリク却想得到那些卡片，拜托你去阻止他。这时海马出现来和我强卡片，当然不是我的对手，解决掉他之后从イシズ的手中得到了第一张幻神卡，她弟弟的事就拜托你了。
　　之后来到广场11的武藤双六的店，那里已经聚集了不少人。闲聊之后就被带到了建设工地来参加最后的决赛。发现少了一人，和每个人交谈之后，最后和楼梯口的那位说时最后一位参赛者者マリク·イジェタ－ル赶到了。马上上飞船之后比赛开时，第一回合武藤游戏VS莫良了，武藤游戏胜；第二回合我VSマリク·イジェタ－ル，我怎么会输呢；第三回合マリク·イシェタ－ルVS城之内克也，マリク·イシェタ－ル胜；回到休息室和每个人交谈后来到一楼的右边继续比赛，第四回合海马濑人VS孔雀舞，海马濑人胜。又回到休息室和所有人对话后来到最后决战地アルカトラズ。半决赛第一回合武藤游戏VS我，胜利后武藤游戏给我第二张幻神卡；半决赛第二回合マリク·イシェタ－ルVS海马濑人，海马濑人使出了青眼白龙三位一体却被マリク·イシェタ－ル的幻神卡打败。
　　终于迎来了最后的决赛，好好整理一下自己的卡牌吧！如果还想继续收集卡片的话就不要比赛，因为这仗比完后直接迎来最后的结局，也不能把最后得到的幻神卡用来使用。好，去迎接最后的挑战吧！有了以前的对战经验，这仗应该不难拿下，胜利后得到最后一张幻神卡，打消了マリク·イシェタ－ル的邪恶念头，之后イシズ赶来感谢你拯救了她的弟弟，这段经历就此结束，迎来了最后的结局！