序
    元治元年，京城附近的专管降魔除怪的新撰组，针对近来妖怪猛增的情况，头目近藤决定重新组建吸收新队员，命名为“影之新撰组”。原组织内高手十郎太受命踏上寻找人才的道路......
    饭田町，狩猎归来的大和丸在村口与太郎分手回家，其母叫大和丸在自家取出文箱（大屋下方），内装大和丸亡父遗物宝刀。太郎此时跑来说有孩被妖怪抓走。大和丸来到町外西北方向的丸山，在洞中打倒妖怪救出人质。回村众人相见正高兴时，妖怪赶来趁乱打倒大和丸，一个独行侠客击杀妖怪后自称壬生十郎太并与大和丸约定富山村见。夜里，辗转反侧的大和丸向母亲倾诉了这些遭遇并得知亡父也是降魔高手，心里感觉自己天生就为这种使命所驱使。早上，从爷爷手中得到宝物，从喜助手中得到草药，在道具屋上方又找到一个同伴，便辞别亲友上路了。

第一部 修行
    北行富士山，找到十郎太并随其来到东面怪物聚集的皆神山，一场激战后，十郎太十分满意大和丸的武艺及人品。于是二人来到京都（西南方面），见到新撰组的各成员冲田、近藤、士方等人，并接受了考验。玩到此处，玩友必须逐项完成屋中各队员所提任务：源三郎，来到京都内西南方角的桥上，有一女子来请求大和丸等人送她回家，答是现出妖身，原来是水下的落水怨灵；左之助，京之神社（北面）火光中出现魔兽マェ，法术对它没有用；藤堂，在道具屋屋右上方角落找到茶碗小僧；新八，在组织大屋右边屋中从小孩身上赶走附身灵；斋藤，京之寺（东北方角）灭魔鼠；冲田，这个任务最难，在京都中遛一圈，在组织大屋右边桥前有四棵柳树，在圈成的四方形对角线中站立等亡灵出现。
    任务完成的非常成功，与此同时，大将军岛津身怀野心擅自开启了封印已久的灵穴，使妖怪横行于日本大陆。将军不得以求助于影之新撰组。大和丸接任务后首先前往出云村（京都西北处）寻找掌握灵穴秘密的才神一族。出云村一片废墟，在中间发现了床下密道，进入找到女孩夏芽，她是才神家灭家惨案的生还者。夏芽带大和丸二人来到才神家世代守护的圣地——八束山（村之南方），洞口有封印，只有夏芽之兄冬夜可开，但他远行未归。下山时，新撰组队员赶来告知富山村附近太岩妖魔丛生，由于其处与家乡饭田町极近大和丸担心母亲安危。三人急忙赶回去，确认母亲无事后，又来到富山村，见到太石神社的神主说神社被霸占。出村往东来到太石神社一个神秘的声音响起，按提示在后面一排树左起第二棵前调查，地面出现洞口。那个声音指挥三人来到地下灵穴，灵穴闪出巨大光辉，声音说：灵穴暴走造成树木枯黄，动物灭迹。一片蓝光中石之神出现，被大和丸三人击败得到御灵石，声音又叫夏芽上前拜咒，封印了灵穴，但奇怪的是它又暴走他处。
    大和丸追踪来到日光村，一个老妇人寻求帮助。大和丸护送她来到江户，在此收了一个大相扑士作同伴。继续朝北东方向走，在宝珠山顶寺庙中拜访了僧侣，询问进山方法，他要求大和丸去ひぇぃ山取到圣火，才可送给仓库钥匙开启左手的密道。众人来到京北面的ひぇぃ山顶取到圣火回宝珠山换到カギ，开启了仓库门（仓库里有两处秘道可找到宝物，墙上有裂纹记号），读了洞口的封条，进入找到灵穴封印后出现了名刀“大典太”，从刀上感应到先辈灭怪师北斗丸战斗的情景。出洞后又得到消息六甲村妖怪横行。六甲村在京都西北方，十郎太家父一郎太在此开道场。在十郎太家住下后，夜里夏芽和大和丸闲聊，一郎太带着一个女人进来，两人大吃一惊，原来这个女人便是十太郎，她一直女扮男装。第二天，道场的三个弟子也加入队伍，向村南妖怪横行的荒地行来，奇怪的声音又出现指引众人跑步踏上地上有符号的地方，到了一个巨石挡住的洞口，宝刀大典太劈开了巨石，封印住灵穴又见到一柄刀，其状极似大典太，正惊愕之间，被打败的妖怪叫来了同伴，新出现的宝刀将妖怪击退。宝刀大典太与新宝刀交谈起来，这刀名叫“数珠丸”，还有几把宝刀长眠地下，镇住各地灵穴。
   大和丸来到日光村（富山村之东），经打听得知所需的青色宝珠是村长的家宝。见到长老，他正为村子每年给妖怪上贡而忧愁，今年的贡品是村长村的女儿。村长得知众人的来意，竟提出让夏芽替代他女儿做贡品，夏芽答应了。フタラ山顶，夏芽作为贡物一人留下，大和丸和十太郎埋伏在附近。突然天暗了下来，猿神出现，三人将猿神打倒。
       猿神还欲垂死挣扎，远处飞来一物将其杀死。原来是位旅行客援手，他看众人无事便想离开，夏芽叫住他认出是自已的兄长冬夜。冬夜得知此事来由，怒气冲冲去找村长打架，三人追到村长家劝阻趁机叫村长交出了青色宝珠。回到八束山，冬夜解开了洞口的封咒，在地下打倒了三只毒虫。下一个目标是高千穗的灵穴。西行在码头乘船到九州，顺海岸南行到高千穗先记录一下，往北东行，找到一处大瀑布，景色美不胜收，击败水蛇怪进入水下，封印了灵穴得到宝刀三日月。在瀑布前，宝刀三日月告诉众人下次要去的场所。大和丸在高千穗南面的村落，做好事可得到法术。

    回大陆，来到户来村（大陆极东面）附近的十和利山，却无法进入。回户来村得知一老妇人手中有四块石板可开秘道，但必须拿东西交换。无奈来到十和山西边的大森林中在地上找到四颗大葫芦状的草药，回见老妇人，得石板打开山之秘层。密宫共有六层，途中有两处可记录进度及恢复体力，在深处地上有三个石柱成三角形处取得宝刀“童子切”。封住灵穴后，群妖追赶，大和丸四人寡不敌众来到山洞外用御灵石封住秘口，夏芽体力不支昏了过去。回村住下，早晨听到户外人声嘈杂，原来是一家人送男人远行，从他们那里得知四国剑山有灵穴出现。

在罔山村见到摆渡人，渡海来到别府村见到历史名人坂本龙马，向下来到山城村。一进村，几个少女谈论剑山的财宝，见有生人便跑开了。村中遇见一个叫ひふみ的女人说她的恋人可帮助大和丸去剑山现在却被抓了起来。大和丸答应救人来到左方大屋（原有两武士阻止进入的地方），门口空无一人冬夜建议从后门近入。在大屋后右上角紧接的小屋找到入口，进入地牢，见到武士伊藏及爪牙拷问被捕男人ゆぅま。大和丸打倒侍卫又将伊藏锁进牢房，救出了男人ゆぅま。回见女人ひふみ，原来她是一只猫精所变，男人ゆぅま。说出了寻找剑山入口的秘诀，必须在山四周的五个寺庙拿五件宝物放在山上五根石柱方行。大和丸依次拿到秘宝の指轮（1）、秘宝の本（2）、秘宝のカキ（3）、秘宝の水晶（4）、秘宝のつぼ（5）。在山顶按十二点、九点、七点、五点、三点分别放置（4）、（5）、（1）、（2）、（3），开启通道。在山中灵穴，宝刀“鬼丸”被冰封住。冬夜、夏芽合力封住灵穴。突然有迷魂药抛来，原来是伊藏捣的鬼。打跑伊藏从赶来的土方口中的知京都有急事。
  大和丸回京都新撰组与将军会合，一起来到飞鸟灵穴（京之南）。在石舞台读过石上文字迷后，调查后面一排神态各异的石像，即左第六个、右第四个、右第二个、右第三个发出咔咔之声，进入地下飞鸟之穴。伊藏也闻赶来，一片混乱。在灵穴前大和丸等人得到蕴藏巨大力量的法术——“转身”可使攻击力、防御力增高。
    一路北上来到大陆极北的海岸之村，找到船夫却无船可乘。依村人所说南行龙之森林，在尽头空地有一株参天神木，大和丸打败了固执的木灵，怒气未消想烧毁森林。夏芽及时劝他打消了这个念头，木灵连忙同意供应木材，并替大和丸做了木筏。回村见过船夫，将木筏放在海边，人鱼出现拉木筏渡海。
第二部 异国他乡
        在函馆村的旅馆，大和丸遇到一个异族人ソツシェ利修及手下ティソバ添巴。大和丸上前帮助添巴搬货，他表示谢意。转天人去馆空，大和丸向馆中一女子询问（问两次），她竟然听得懂异国人的语言。
        在村外右方温泉处，大和丸依村人所说泡进水中，恢复了连日来的疲劳。听到有人来躲起，见利修等人来，并枪杀了带路村人。大和丸不小心弄出了声响，便跳出与利修对峙。可惜却让利修跑了，添巴留了下来，众人与他交谈，添巴希望大和丸能送他回故乡，但现在问题是找灵穴。在函馆村记录石像旁左有一男子两次交谈后，他说从村北东行，有一山间住有吃人妖怪。来到北东洞穴，将军及冲田、土方等人皆在。在洞中打败怪兽，它身下出现一洞，灵穴在里面，在一处泉前调查跳入，回见将军，正好听到了不该听的秘密，原来将军是这件事的幕后者。大和丸和将军等人大打出手，冲田趁乱与大和丸低语，大和丸假装逃跑离去。在途中添巴告诉大和丸关于故乡圣地的事，听后大和丸疑惑不解，在添巴的故乡竟有相同的灵穴。于是大和丸等决定与添巴去圣地看看。
       回到横滨（江户之西）在道具屋可买到宝物ぐじャぐのはね（可移动所去处所）还借到了一万元钱。在右手的码头，将木筏交于一位老者。第二天，老者将木筏改造成渡海航船（以后每升几级可回来花钱请老者改造），在道具屋买齐弹药及维修工具。
       渡海东行，经过激烈的海战和水底鱼怪的袭击来到了一块尚未开拓的大陆（今之南美洲）。上岸后添巴先行离去，并留下地址，大和丸在码头村镇みなょ町闲逛一番沿峡谷东行，向右下方来到草原之村，见到添巴，说灵穴在南方。途经ダヲソデ村，南行一条河川阻住了道路，众人挑战水中的水魔，反被擒住。在水下牢房，一个叫ャィレソ的女人放出了大和丸，叫他去拿“たでぃろの羽根”。从牢房左方出水面，来到西北的虹之森，发现几棵跟龙之森林相同的神木。大和丸向神木求取“たでぃろの的羽根”，神木们分别提出条件要：“绿のベ—ル”、“赤の水ガめ”、“橙の腕轮”、“青の角笛”、“紫の水晶”、“黄の石板”、“兰の镜”。最后一个是十个“ヶロ ス”，此物在森林周围杀死小女孩样的怪物才可凑齐。一番忙碌，终于得到了“たでぃろの羽根”。回河川那女人插上了羽根，托大和丸过了河川。
        来到ヒル村，收了一个同伴。听人说南有食人怪，答“是”得到“とりでのカキ”南行经过一个废弃大屋，在人食ぃ山打倒食人怪。再南行遗迹之村，在神殿里找到“黄金的のティァヲ”在下方屋中看到一个魂灵，在她站过的左边放置“黄金的のティァヲ”，魂灵出现，是个少女，选择不战斗，送给大和丸“黄金的のティァヲ”和“ェメヲルドピァス”。出遗迹东行なぼき的谷，用“黄金的のティァヲ”打开洞口，在洞口碰见并战败怪物スピリット后，ピァス出现，怪物要求众人相助，在灵穴边发现尸体。利修出现，原来他是这个王国灭绝的凶手。将利修打跑后，怪物进入尸体变成战士スクゥント，在灵穴发现宝物“不思议なきかぃ”。回遗迹之村，スクゥント和女王タミァヲ相见，女王魂魄放心的消失了。悲伤的印安战士スクゥント要求一人静静，众人在遗迹神殿住了一宿。
        第二天早上，大和丸在遗迹前见到了邪恶的三博士，他们大言不惭公开承认灵穴是为了收集而设计的。三博士的灵魔兽击倒了大和丸、十郎太和夏芽，冬夜一人苦撑着，直到スクゥント赶来才倒下死去。三博士被吓跑了，痛失伙伴的大和丸辞别スクゥント来到河川，未想到他赶来加入队伍。重新组织的“影之新撰组”出发了。途中在ダうソデ村给スクゥント买新装备，在草原之村碰见一个日本商人可买到较强武器。渡海回横滨，将军出现。大和丸选择“不”拒绝与将军联手。他要靠正义力量来拯救日本。
第三部 使命
       在横滨坂本龙马家住下，夜里神秘的声音又起，叫醒了大和丸，指示去函馆之灵穴。在函馆村灵穴，渡海而来的三博士新研制的灵兽再次被打败，三博士又跑了（真是无耻之极）。将军又来诬陷众人，危急关头一道亮光将大和丸转移到别处，神秘声音的主人イヒカ和ヘぃたぃ神官终于现身，说出了灵穴的来龙去脉暴走原因，并加入队伍。出来一看是ぁぱぃノ村，在此整顿一下。
      回到横滨之西富士山，在山中灵穴发现了将军一伙，当只留下冲田一人时，大和丸上前询问，冲田却变成怪物与众人博斗，最终倒在十太郎的剑下。将军一伙回来将大和丸四人关在了山洞里中，与此同时三博士杀死了近藤。众人冲出洞外看见三博士在富士山上建了一座高塔。
        大和丸和两神官讨论，来到高千穗的北西方龙潭，在地下水路脱出来到地下王国。见长老后，在村中购买了各种武具和道具，这是最后一次机会，一定要精打细算。
        回富士山在洞口前选择战斗上山顶，钻过火山爬上高塔，此处的迷宫虽然有此困难，但对于已然攻关至此的玩友不在话下，其中难点是在最后一道关闸（门后有记录符号），必须先去左通道杀灵兽，再杀此关闸门前灵兽，才能拿到钥匙开闸。杀死最强的灵兽后，将其守护的“ヘビのぐひか”在电力装置上插入破坏了灵力收集，三博士跑了。下塔后解救被灵兽袭击的人们，士方赶来替大和叉掠阵。大和丸毅然进入山洞追杀三博士，此时以前的十几位途中加入伙伴全部离去。一路血战打倒三博士自身幻成的灵兽，大和丸最后面对的是改造过的利修。利修所变的超级灵兽有一只爪子，一只头，一只黑手掌。决窍是先打头再打爪子，最后打手掌，应该使大和丸四人处于转身状态，使用能让全队加满血的道具及时补救，在四人坚持不懈的攻击下，终于将利修击毙。大和丸四人已经精疲力尽了，法术不够封住灵穴，为了拯救国家，四人舍身跳入了灵穴。
        灵穴全部封住，妖怪消失了，人们又开始过上了平静的生活。一切好象都没有发生过，那以后的故事，谁也无法预测。住在横滨的坂本龙马却得到一个海外的水消息，大和丸他们并没有死，欣喜若狂的坂本龙马冲到码头——红色的太阳跃出海面，幕府的时代宣告结束，太平盛事已经来临，新的历史大变动将登上舞台，这就是——明治维新。